Arrêts de travail : ce qui change au 1er septembre 2026

31 jours, 62 jours, dérogations, contrôle médical : ce que les salariés doivent réellement comprendre

À compter du 1er septembre 2026, de nouvelles règles vont encadrer la durée pouvant être prescrite en une seule fois pour certains arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières.

Les chiffres de 31 jours pour une première prescription et de 62 jours pour une prolongation peuvent donner l’impression qu’un salarié ne pourra plus être arrêté au-delà de ces durées.

Ce n’est pas exact.

Ces nouvelles durées constituent des plafonds de prescription. Le professionnel de santé pourra exceptionnellement les dépasser lorsque l’état du patient le nécessite, à condition de justifier cette durée plus longue sur la prescription.

À retenir

31 jours maximum pour une première prescription, sauf dérogation médicalement justifiée.
62 jours maximum pour une prolongation, sauf dérogation médicalement justifiée.
Les règles s’appliquent aux prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026.
Un arrêt maladie pourra donc toujours durer plusieurs mois lorsque l’état de santé le justifie.
La réforme porte sur la durée prescrite en une fois, pas sur une durée maximale absolue de maladie.
À partir du seuil réglementaire de trois mois, le prescripteur pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical.

1. Que prévoit exactement la réforme ?

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 introduit dans le Code de la sécurité sociale un nouvel article R.162-1-7-1.

Il fixe deux plafonds :

31 jours pour une première prescription d’arrêt de travail ;
62 jours pour une prolongation.

Ces dispositions concernent les prescriptions effectuées par les professionnels habilités — notamment médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes dans le cadre de leurs compétences — lorsqu’elles ouvrent droit aux indemnités journalières concernées par le dispositif.

Les plafonds s’appliqueront aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.

👉 Texte officiel :
Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026

2. 31 jours ne signifie pas « seulement 31 jours de maladie »

C’est probablement le point le plus important à comprendre.

Le nouveau plafond ne signifie pas qu’un salarié dont l’état de santé nécessite plusieurs mois d’arrêt devra reprendre automatiquement son travail après 31 jours.

Il encadre d’abord la durée pouvant être prescrite en une seule fois.

Lorsqu’une incapacité de travail se poursuit, une prolongation pourra être établie dans les conditions prévues par le Code de la sécurité sociale.

Exemple pédagogique
Un salarié se voit prescrire un arrêt maladie de 31 jours. À l’issue de cette période, son état de santé ne permet toujours pas la reprise. Si cela est médicalement justifié, une prolongation peut être prescrite. La réforme ne lui impose donc pas de reprendre simplement parce que les 31 premiers jours sont écoulés.

3. Une dérogation reste possible lorsque l’état de santé l’exige

Le législateur a prévu une possibilité importante de dérogation.

Le professionnel de santé pourra dépasser le plafond réglementaire lorsqu’il estime qu’une durée plus longue est nécessaire compte tenu de la situation du patient.

Dans ce cas, il devra justifier cette nécessité sur la prescription, en tenant compte, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.

Cette possibilité existe aussi bien pour la première prescription que pour la prolongation dans les conditions prévues par le Code de la sécurité sociale.

Attention aux raccourcis
Dire « les arrêts maladie seront limités à 31 jours » serait juridiquement inexact. Le plafond de 31 jours encadre la prescription initiale, mais une dérogation médicalement justifiée reste expressément prévue par le texte.

👉 Référence :
Code de la sécurité sociale – Article L.162-4-1 applicable au 1er septembre 2026

4. Et pour une prolongation ?

À compter du 1er septembre, le plafond réglementaire sera de 62 jours pour une prolongation.

Les règles existantes sur l’auteur de la prolongation restent importantes : l’indemnisation est en principe maintenue lorsque la prolongation est prescrite par le professionnel ayant établi l’arrêt initial ou par le médecin traitant, sous réserve des autres situations prévues par les textes.

Là encore, le plafond de 62 jours pourra être dépassé lorsque le prescripteur justifie la nécessité d’une durée plus longue au regard de l’état du patient.

👉 Référence :
Code de la sécurité sociale – Article L.162-4-4 applicable au 1er septembre 2026

5. Que se passe-t-il pour les arrêts longs ?

Un second décret du 12 juin 2026 complète le dispositif.

À compter du 1er septembre 2026, le Code de la sécurité sociale prévoit un seuil de trois mois lié au renouvellement d’un arrêt de travail, à partir duquel le prescripteur pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical.

Cette possibilité ne signifie pas automatiquement que l’arrêt sera remis en cause.

Elle introduit un outil supplémentaire de dialogue avec le service médical de l’Assurance maladie pour les situations d’arrêt prolongé.

👉 Texte officiel :
Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026

6. Pourquoi cette réforme ?

Ces mesures sont issues de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

L’objectif affiché est de renforcer l’encadrement des prescriptions d’arrêts de travail et leur suivi par l’Assurance maladie.

Mais pour les salariés, l’essentiel est ailleurs : il faut éviter que l’existence de plafonds administratifs soit confondue avec une appréciation médicale automatique de la capacité à reprendre le travail.

Le principe à conserver en tête
La décision de prescrire ou prolonger un arrêt reste liée à l’état de santé du patient. Le nouveau dispositif encadre davantage la durée de chaque prescription, mais prévoit précisément des possibilités de dérogation lorsque la situation médicale le justifie.

7. Ce qui ne change pas pour le salarié

Plusieurs obligations pratiques demeurent.

Lorsqu’un arrêt est prescrit, le salarié doit continuer à respecter les démarches nécessaires à sa prise en charge et à informer son employeur dans les délais applicables.

Il doit également :

respecter les prescriptions médicales ;
respecter les éventuelles heures de présence indiquées sur l’arrêt ;
se soumettre aux contrôles prévus par la réglementation ;
transmettre les documents nécessaires à son employeur et à l’Assurance maladie lorsque cette transmission n’est pas automatisée ;
faire établir correctement toute prolongation nécessaire.

8. Contrôle médical, contre-visite patronale et durée de prescription : ne pas tout confondre

Plusieurs dispositifs différents existent autour des arrêts maladie.

Ils ne doivent pas être confondus.

Le plafond de prescription fixe la durée pouvant être prescrite en une fois à partir du 1er septembre.
Le contrôle de l’Assurance maladie relève du service médical de la caisse.
La contre-visite médicale patronale peut être organisée dans certaines conditions lorsqu’un complément de salaire est versé par l’employeur.
La visite de préreprise ou de reprise relève du suivi de santé au travail et poursuit un objectif différent : préparer ou sécuriser le retour au travail.

Une réforme sur l’un de ces dispositifs ne modifie donc pas automatiquement les autres.

9. Arrêt long : penser aussi à la reprise du travail

Lorsqu’un arrêt se prolonge, la question de la reprise ne doit pas être traitée uniquement au dernier moment.

Selon la situation, plusieurs sujets peuvent devoir être anticipés :

visite de préreprise ;
aménagement du poste ;
restrictions médicales ;
temps partiel thérapeutique lorsque les conditions sont réunies ;
adaptation des horaires ou de l’organisation ;
reclassement lorsqu’une reprise au poste initial devient impossible.

Le service de prévention et de santé au travail constitue alors un interlocuteur essentiel.

Bon réflexe CFTC : lorsqu’un arrêt devient long ou que la reprise paraît difficile, mieux vaut anticiper. Un échange suffisamment tôt avec la médecine du travail peut permettre d’étudier les solutions avant le retour effectif dans l’entreprise.

10. Et pour les salariés intérimaires ?

Les intérimaires sont eux aussi concernés lorsqu’un arrêt maladie intervient pendant une mission ou entre plusieurs périodes de travail.

Le premier réflexe doit être d’informer rapidement l’agence d’emploi et de respecter les démarches auprès de l’Assurance maladie.

Il est particulièrement important de conserver :

les prescriptions et prolongations ;
les justificatifs de transmission ;
les échanges avec l’agence ;
les bulletins de salaire utiles ;
les décisions relatives aux indemnités journalières.

Lorsqu’une reprise nécessite des restrictions ou un aménagement, il ne faut pas attendre le démarrage d’une nouvelle mission pour signaler la difficulté.

11. Arrêt maladie et pression professionnelle : rester vigilant

Un arrêt de travail est une prescription médicale.

L’existence de nouvelles règles administratives ne doit pas conduire à banaliser des comportements consistant à faire pression sur un salarié pour qu’il reprenne plus tôt, travaille pendant son arrêt ou reste connecté à son activité professionnelle.

Un salarié arrêté doit pouvoir se consacrer à sa santé et respecter les prescriptions qui lui ont été données.

En cas de sollicitations répétées ou de difficulté avec l’employeur, l’agence ou le retour au travail, il peut être utile d’en parler avec un représentant du personnel.

12. Les bons réflexes avant le 1er septembre

Ne pas interpréter les 31 jours comme une durée maximale absolue d’arrêt.
Faire établir les prolongations dans les conditions réglementaires.
Vérifier les informations figurant sur les prescriptions.
Conserver tous les justificatifs.
Anticiper la reprise lorsque l’arrêt devient long.
Solliciter la médecine du travail si le retour au poste paraît difficile.
Demander conseil en cas de problème d’indemnisation ou de pression professionnelle.

La position CFTC

Informer sans inquiéter, contrôler sans fragiliser

Pour la CFTC, la lutte contre les abus éventuels ne doit pas conduire à fragiliser les salariés réellement malades. Les nouvelles règles doivent être appliquées avec discernement et en respectant la décision médicale. Les salariés doivent disposer d’une information claire : les plafonds de 31 et 62 jours ne constituent pas une obligation de reprise, et le Code de la sécurité sociale conserve expressément une possibilité de dérogation lorsque l’état de santé justifie une prescription plus longue.

Sources et vérification

Article vérifié au 17 août 2026 à partir des textes officiels disponibles. Certaines modalités pratiques peuvent faire l’objet de précisions ultérieures par l’Assurance maladie ou les pouvoirs publics.

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